# скрипт для исследования контактов между молекулами белкаи ДНК

#полярные атомы 2'-дезоксирибозы
define pol_des *.o?*
#полярные атомы фосфорной кислоты:
define pol_ph *.o1p, *.o2p 
#полярные атомы оснований ДНК, обращенные в большую бороздку:
define pol_mjg (nitrogen, oxygen) and mjg
#полярные атомы оснований ДНК, обращенные в большую бороздку:
define pol_mig (nitrogen, oxygen) and mig

#неполярные атомы дезоксирибозы:
define nonp_des *.c?*
#неполярные атомы оснований ДНК, обращенные в большую бороздку:
define nonp_mjg carbon and mjg
#полярные атомы оснований ДНК, обращенные в малую бороздку:
define nonp_mig carbon and mig

#полярные атомы в неполярных аминокислотах
define p_in_n hydrophobic and (nitrogen, oxygen)
#полярные атомы в полярных аминокислотах
define p_in_p polar and not carbon
#все полярые атомы белка
define pol_prot p_in_n or p_in_p


#неполярные атомы в полярных кислотах
define n_in_p polar and carbon
#неполярные атомы в неполярных кислотах
define n_in_n hydrophobic and carbon
#все неполярные атомы белка
define nonp_prot n_in_p or n_in_n